Podwyższone stężenie specyficznych IgE (np. przeciwko białkom mleka krowiego, lub przeciwko antygenom ryb) świadczy o możliwej reakcji alergicznej typu natychmiastowego na dany antygen. Podobnie jak przy oznaczaniu stężenia całkowitej IgE, należy brać pod uwagę możliwość istnienia u dziecka reakcji alergicznej nie związanej z IgE (co stanowi prawie 50% wszystkich reakcji alergicznych u dzieci!).

W takich sytuacjach prawidłowy wynik specyficznych IgE nie wyklucza alergii na dany antygen. Możliwe jest również znaczne podwyższenie stężenia specyficznych IgE, pomimo że dziecko nie wykazuje żadnej reakcji alergicznej, a podawanie mu danego antygenu nie powoduje żadnych objawów.

Podwyższenie poziomu specyficznych IgE powyżej 1 klasy świadczy jedynie o istniejącym potencjalnym uczuleniu organizmu na dany alergen. Powinno to być potwierdzone próbą eliminacji i prowokacji z obserwacją objawów klinicznych. Należy również pamiętać, że niektóre pokarmy zyskują zdolność alergizacji dopiero w trakcie procesu trawienia- wynik IgE przeciwko "całemu" antygenowi będzie ujemny, ponieważ alergię powoduje jego mały fragment, powstający po strawieniu przez enzymy w świetle przewodu pokarmowego.

Wiarygodność diagnostyczna oznaczania specyficznych IgE nie jest istotnie wyższa od wiarygodności testów skórnych. Wadą oznaczeń specyficznych IgE jest ich wysoka cena. Trzeba też pamiętać, że w naszym otoczeniu są setki lub tysiące różnorodnych antygenów, mogących wywoływać reakcję alergiczną.

Zbadanie ich wszystkich oznaczaniem specyficznych IgE jest niewyobrażalne. Z tego powodu nadal kluczowe znaczenie w diagnostyce alergii ma ocena całokształtu obrazu klinicznego oraz tzw. test karencji i ekspozycji, czyli obserwacja objawów po odstawieniu określonego antygenu (np. mleka krowiego) i po jego ponownym włączeniu. Nie ma możliwości 100% pewnego potwierdzenia lub wykluczenia alergii wyłącznie na podstawie badań pomocniczych (IgE, testy skórne).